はい、可能です。
「XServer for WordPress」では、ルートドメインと各サブドメインを別サイト（サーバー）に設定することができます。
例）
契約A（WP-AA123456）
・サイト1で「https://example.com」を利用
・サイト2で「https://sub1.example.com」を利用
契約B（WP-BB123456）
・サイト3で「https://sub2.example.com」を利用
・サイト4で「https://sub3.example.com」を利用
詳細については以下マニュアルをご確認ください。
